크레이지 슬롯

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부교수

요약

최근 유전체학의 발전이 엄청난 양의 데이터를 생성하고 있습니다. 결과적으로, 크레이지 슬롯 정보학 분야는 이러한 데이터를 더 잘 해석하고 이해하기 위해 더 큰 학제 간으로 이동해야 할 전례없는 필요성에 직면합니다.

크레이지 슬롯의 실험실은 식물 유전체학에 대해 작업하여 게놈이 어떻게 구성되는지, 게놈 구조가 유전자 발현, 표현형 및 게놈 가소성에 어떤 영향을 미치는지 연구합니다. 우리는 생물 정보학을 사용하여 식물 다양성의 질문을 해결하고 대규모 게놈 복제와 관련된 다각화 메커니즘을 통해 작물 개선 노력을 가능하게하는 동시에 핵심 기능을 유지합니다.

우리의 진행중인 연구 프로젝트는 포함de novo다수의 게놈 및 전 사체의 조립 및 분석. 우리는 다양한 오픈 소스 소프트웨어 개발 프로젝트에 참여하고 식물 크레이지 슬롯의 정보 자원 관리에 관련된 그룹 간의 데이터 공유를 촉진하고 표준 준수를 개선하기위한 다른 노력에 참여합니다..

마지막으로, 우리 실험실은 개발, 대사체, 단백질 구조, 진화 분석 및 광합성을 조절하는 과정을 밝히려고 미래의 시도가 식물, 곤충 및 척추 동물에서 유전자 기능을 특성화 할 수있게 해줄 것입니다.

교육

B.S. Dongguk University, 서울, 한국, 2006
M.S. Dongguk University, 서울, 한국, 2008
Ph.D. Dongguk University, 서울, 한국, 2012

Publications

저널

잔디에서 C4 광합성의 진화에 대한 게놈 및 전 사체 통찰력

2024

게놈 크레이지 슬롯 및 진화, 16 권, 2024 년 8 월 8 일, Evae163,

Haomin Lyu, Cheol 크레이지 슬롯, Qingyi Yu

C4 광합성은 19 명의 Angiosperm 가족 내에서 62 배 이상 독립적으로 진화했습니다. C4 광합성의 재발 진화는 복잡한 해부학 적 및 크레이지 슬롯 적과 모순되는 것으로 보인다 ...

Grabseeds : 이미지 분석을 통한 식물 장기의 추출

2024

플랜트 방법 20, 140 (2024)

Haibao Tang, Wenqian Kong, Pheonah Nabukalu, Johnathan S Lomas, Michel Moser, Jisen 크레이지 슬롯, Mengwei Jiang, Xingtan 크레이지 슬롯, Andrew H Paterson, 우승

Grabseeds는 식물 표현형 과정을 간소화하고 농업 특성 및 스트레스 조건과의 연관성을위한 다양한 종자, 꽃 및 잎 특성 연구에 효과적입니다. 소스 코드 및 ...

JCVI : 비교 유전체학 분석을위한 다목적 툴킷

2024

Imeta Volume3, Issue4 2024 년 8 월 E211

Haibao Tang, Vivek Krishnakumar, Xiaofei Zeng, Zhougeng Xu, Adam Taranto, Johnathan S Lomas, Yixing Zhang, Yumin Huang, Yibin Wang, Win Cheol 크레이지 슬롯, Jisen Zhang, Xingtan Zhang

JCVI 라이브러리는 다재다능한 파이썬 기반 라이브러리 로이 기둥에 뛰어난 도구를 제공합니다. 모듈 식 디자인이 특징 인 JCVI 라이브러리는 작업을위한 고급 유틸리티를 제공합니다 ...

조명이 켜져 있으면 어떻게됩니까? 빛 오염에 대한 전 사체 및 표현형 습관화

2024

게놈 크레이지 슬롯 및 진화, 제 16 권, 2024 년 8 월 8 일, EVAE163

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x 및 y pseudochromosomes의 높은 개선 된 게놈

2023

Life Science Alliance 6

Andrew B Nuss, Johnathan S Lomas, Jeremiah B Reyes, Omar Garcia-Cruz, Wenlong Lei, Arvind Sharma, Michael N Pham, Saransh Beniwal, Mia L Swain, Molly McVicar, Isaac Amankona Hinne, Xingtan 크레이지 슬롯, chyika k unsika k, kyika anika k, ZhanikaNika 크레이지 슬롯.

U의 삼각형의 마지막 조각 : 사트라플로이드 브라 시카 카리나타 게놈의 진화

2022

식물 세포, 34 권, 2022 년 11 월 11 일, 4143–4172 페이지

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여기서, 우리는 B. carinata에 대한 156.9 배 시퀀싱 커버리지를 갖춘 염색체 스케일 1.31-gbp 게놈 어셈블리를보고하고, 클래식의 고전적인 삼각형을 포함하는 기준 게놈을 완성합니다 ...

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자유 흐름 전기 영동 및 SWATH-MS에 의한 막 프로파일 링 중피 산맥 결정에서 세포 내 구획 단백질체를 특성화합니다.

2021

국제 크레이지 슬롯 과학 저널. 22 : 5020.

Guo Q, Liu L, 크레이지 슬롯 WC, Cushman JC, Barkla BJ.

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2019

선인장 개발 전문 협회 저널. 21 : 1–31.

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Bracteatus 파인애플 게놈 및 클론 전파 작물의 가축화.

2019

자연 유전학. 51 : 1549–1558 doi : 10.1038/s41588-019-0506-8.

Chen L-Y, Vanburen R, Paris M, Zhou H, Zhang X, Wai CM, Yan H, Yan H, M, Ramakrishnan S, Liao Z, Liu J, Lin J, Yue J, Fatima M, Lin Z, Zhang J, Juang L, Wang H, Hwa T-Y, Kao Ty M, Kao yy A, Song J, Wang H, 크레이지 슬롯 WC, Cushman JC, Paull RE, Matsumoto T, Qin Y, Wu Q, Wang J, Yu Q, Wu J, Zhang S, Boches P, Tung C-W, Wang M-L, D 'Eckenbrugge GC, Sanewski GM, Purrugganan MD, Schatz MC, Schatz MC, Bennetzen JL, Bennetzen JL

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2018

미토콘드리아. doi : 10.1016/j.mito.2018.04.002

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RBCL mRNA 결합 단백질은 Flaveria에서 C3 내지 C4 진화 및 경도 유발 생산과 관련이있다..

2017

실험용 식물학 저널 DOI : 10.1093/JXB/ERX264

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Divide and Conquer (DC) Blast : HPC 환경 내 빠르고 쉬운 폭발 실행.

2017

PEERJ. 5 : e3486.

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대두에서 열 스트레스에 의한 열 충격 단백질의 발현.

2017

식물 품종. 생명 공학.

Song K, 크레이지 슬롯 WC, Lee B-M.

파인애플에서 캠 광합성의 시간 및 공간 전 사체 및 마이크로 RNA 역학.

2017

Plant Journal doi : 10.1111/tpj.13630

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Kalanchoë 게놈은 수렴 진화와 Crassulacean Acid 대사의 빌딩 블록에 대한 통찰력을 제공합니다.

2017

Nature Communications DOI : 10.1038/S41467-017-01491-7

Yang X, Hu R. Yin H, Jenkins J, Shu S, Tang H, Liu D, Mighill DA, 크레이지 슬롯 WC, Ha J, Heyduk K, Goodstein D, Gou HB, Moseley R, Fitzek E, Jawdy S, Zhang Z, Xie M, Hartwell J, Grimwood J, Grimwood J, Grimwood J, Grimwood J. Beltrán J, Boxall S, Denver L, Palla K, Albion R, Garcia T, Mayer J, Lim SD, Wai CM, Peluso P, Vanburen R, De Paoli H, Borland A, Guo H, Chen JG, Muchero W, Yin Y, Jacobson D, Tschaplinski T, Hettich R, Ming Reebens-Ming R, Leebens-Ming r.

빙시 공장의 식별 (중피 산기 결정자 L.) 묘목에서 높은 염분 반응에서 RNA-seq와 그들의 추정 역할을 사용한 마이크로 RNA..

2016

Plant Sciencefront Plant Sci의 프론티어. doi : 10.3389/fpls.2016.01143

Chiang C, 크레이지 슬롯 WC, Sun Y, Ohnishi M, Mimura T, Cushman JC, Yen HE.

파인애플 게놈과 CAM 광합성의 진화.

2016

자연 유전학. 47 : 1435–1442

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