효소적 단백질 소화
피망 슬롯기로 분석되기 전에 대부분의 단백질은 더 작은 조각으로 분해되어야 합니다. 이는 일반적으로 트립신과 Lys-C와 같은 프로테아제를 사용한 소화를 통해 이루어지지만 원하는 다른 프로테아제를 사용할 수도 있습니다.
요구사항
100 fmol 단백질은 용액 속의 단백질, 쿠마시 염색으로 볼 수 있는 젤 조각 또는 반점일 수 있습니다.
액체 크로마토그래피/피망 슬롯법(LC/MS)
- Thermo Ultimate 3000 nano피망 슬롯 시스템과 결합된 ETD가 포함된 Thermo Scientific Orbitrap Eclipse.
- Bruker NanoElute 피망 슬롯에 연결된 Bruker timsTOF Pro2.
- Evosep One 피망 슬롯는 주로 전혈, 혈청, 소변 등의 임상 시료에 사용됩니다. 실험에 따라 Eclipse 또는 TimsTOF와 결합 가능
- 단백질 식별은 젤 밴드나 용액에서 수행할 수 있습니다.
- Proteome characterization is performed using either label free or isobarically labeled approaches.
- TMT(Tandem Mass Tags)는 다차원 HP피망 슬롯를 사용하여 분석됩니다. 첫 번째 차원은 기본 RPHP피망 슬롯이고 그 다음에는 Eclipse의 전통적인 역상 HP피망 슬롯가 있습니다.
- DIA(Data-Independent Acquisition)는 Eclipse 또는 timsTOF를 사용하여 수행되며 데이터는 Biognosy의 Spectronaut 소프트웨어를 사용하여 처리됩니다.
- 표적 단백질체학은 Eclipse 또는 timsTOF에서 수행됩니다.
- 데이터 분석은 Biognosys Spectronaut 또는 Thermo Scientific의 SEQUEST® 및 Proteome Discoverer를 사용하여 수행됩니다. 데이터 출력은 Spectronaut 또는 Proteome 소프트웨어 Scaffold를 통해 사용자에게 제공되며 둘 다 무료 뷰어가 있습니다.
요구사항
컬럼에 트립신 분해물 50fmol;<5% 아세토니트릴, <0.01%(w/v) 세제 농도의 수용액에 담긴 샘플.
